１９６７年、マレーシア山中のリゾート地カメロン・ハイランドからタイのシルク王と呼ばれたアメリカ人ジェフリー・トーマスが姿を消した。遭難・誘拐・自殺等の説が流れ、徹底的な捜査が行われたにも拘らず彼の行方は杳として知れないまま。それから３０余年後、トーマスの知人だったと言う弓狩惣一郎の軽井沢の別荘を訪れた京介達は、霊能少女・輪王寺綾乃がトーマスの行方を探る場に同席するが、彼女が語る言葉に激しく動揺した惣一郎の一存で中止される。その翌日、孤風亭と呼ばれる別邸で惣一郎の遺体が発見され…

１９９７年８月２２日夕方、私立向陵高校の敷地内で中年男性の刺殺体が発見された。近くに落ちていた凶器と思われる小刀は購買で売られており、しかも昨年生徒会室から紛失した物らしい。だが校内の管理責任を担う筈の教師達は昼に起きた集団食中毒の為に不在。１８時に電気錠によって門は閉ざされ、その場には其々の理由から校内に残っていた生徒達１５人が残された。殺人犯はこの中にいる――？！彼らは自分達で真犯人を探そうとするが…

薬師寺家事件の時効が近づき、ネットの一部掲示板では再び未解決事件に対する関心が高まっていた。そんな時蒼こと薬師寺香澄のもとに謎めいた封筒が届き始める。差出人は“響”と名乗る謎の人物でカードには一言「REMEMBER」の文字が。彼（または彼女）は何を思い出せというのか？次々と届くカードに背を押される様に過去の記憶を辿り出す蒼の脳裏にある光景が浮かび始めた。あれは事件の起こる前のクリスマス。温室のガラス越しに一瞬だけ目を合わせた“ひびき”と呼ばれた少年の顔、そして…

自作の詩を叔父に馬鹿にされ、爆弾事件を起こした後家出をした少年。彼を案じる従妹に泣きつかれ、病院を抜け出して東京へやって来た群馬県警刑事・工藤だったが頼みの京介はマレーシアに滞在中で不在。その頃都内で頻発していた爆弾事件に少年が関わる前に説得したいとの思いもむなしく、２００１年４月１日都内数十箇所で爆弾が炸裂した。ネットの海に埋没する様にひっそりと記された《火刑法廷》と名乗る人物による犯行声明。多数の死傷者を出したこの事件の首謀者の目的は…？

最近京介の様子がおかしい。週に１，２度はスポーツジムに通い、夜型だった生活がいつの間にか昼型になり、率先して炊事・洗濯もしているのだ。いぶかしむ深春に、ある日京介が京都へ行かないかと言い出した。何年かぶりに訪れた京都で出会ったのは、４年前堂上公家に生まれながらヴェトナム人青年と恋に落ち、父の監視の目をかいくぐって駆け落ちした四条彰子。父の病の為に一時帰国しているという彼女は既に一児の母となっていたが、その瞳には憂いの表情が。結局彼女の悩みを聞き出せないまま別れた数ヵ月後、ヴェトナムの彰子から電話がかかってきた。「離婚して息子と二人で日本へ帰るつもりだ」と告げた彼女は、だがその直後ただ一人で姿を消した。彰子の義弟ロンの頼みでヴェトナムへ飛ぶ事になった京介と深春だが…