小学校の校庭にある朝突然出現した巨大な「雪の妖精」。牧歌的な話題と思われた日常の１コマ。だが雪の溶けた校庭からは少年の遺体が発見された。
そんな話題が世間に流れていたある日、深山木薬店に一人の中年の男が訪れた。「灰色の木を金色に戻す薬を売って貰えると聞いたのだが」事件を依頼する時の暗号を口にした男の依頼とは――。そして数日後、新たな依頼が。依頼主は雪の中から発見された少年の母。彼女は息子の幽霊に悩んでいると言うのだが…。

相も変わらず開店休業状態の深山木薬店。そこに１人の中学生が訪れた。合い言葉に続けて彼が発した言葉は「上中の佐倉康を、妖怪に食べさせちゃって下さい！」というモノ。リベザルが思わずあげた疑問の声に驚いて逃げてしまった彼に、一旦は依頼が成立せず終わったかと思いきや、事件は既に起こっていた。秋が仲間と共に見つけた段ボールには、切り刻まれた人間の死体が。被害者の名は「佐倉康」。事件に動揺した依頼人・椚良太が「薬屋に依頼した」と漏らしたことで、秋は警察から事件の参考人として呼ばれる事に。一方、警察の捜査とは別に独自に事件を調べ始める薬屋の面々。次々に見つかる腕や足などの遺体に添えられたモノ達が示す意味は？そして徐々に良太と親しくなっていくリベザルが見た結末は…。

それぞれ別々に起こった事件――。ホテルの喫茶室で毒死した医師、マンションの屋上から飛び降りた会社員、ラッシュの駅のホームから落ちて死んだ男。これらは全て解決済みの事件…のハズだった。しかしそこには隠された共通点があるという。情報屋・シャドウからの「問題」に、高遠と葉山は秋の協力を求めて深山木薬店へとやってきた。しかし秋は不在。その為彼らは座木の協力を取りつけ、事件の共通点を探るために再調査を始めた。一方、秋はあるアパートの一室で双海由高、通称「ゆた」との同居生活を送っていた。心臓の移植手術を受け、退院したばかりの「ゆた」は一人暮らしを心配する親の配慮で「幼なじみ」の秋と一緒に暮らしていたのだ。平凡に過ぎて行くかに見えた毎日だが、何処からか少しずつ歯車に狂いが生じていく――。

深山木薬店に野狐の柚之助がしばらくの間同居する事になった。そんな時１人の依頼人が薬屋を訪れた。彼女の名は車谷エリカ。ネット上での情報屋「シャドウ」の片割れだ。薬屋の面々が「シャドウ」と面識がある事など露知らぬ彼女は、噂を頼りに身の回りに起こる奇怪な出来事を解決するべくやってきたのだった。エリカに害なすモノが憑いていく類の物ではないと判断した秋は、リベザルと柚之助の２人を付けてエリカを現場から離し、彼女の通う三科台高校周辺の調査を開始した。
　人口に膾炙し広がっていく「噂」。その過程で本質は歪み、新たな事柄が負荷されていく。調査を続ける秋と座木の前に浮かび上がった真実とは？一方、福島へと避難した筈のエリカに降りかかる怪奇現象にリベザル達は…。

薬屋の面々に総和が持ち込んだ依頼。「薬屋」の本来の在り方とはかけ離れた頼みを秋は一蹴する―――が、結局彼等は総和の友人・虎徹の四国にある実家へと行く事に。そこで待っていたのは何につけイライラと子供達を叱る虎徹の義母、その母に対して萎縮する異母弟たち。何処かギスギスした空気の流れる家の中で、リベザルはひとりの少女と出会う。香乃子と名のった少女は「あたし、この家の子じゃないの」「あたしは夜しかいないの」と不思議な言葉を残す。そして彼女の言った通り、夕食の席には彼女の姿はなかった。そしてその晩―――家の敷地内にある井戸が爆発音と共に火を噴いた。幸い小火でおさまったが、その井戸の中からは少女の遺体が発見される。そしてその後雪浜家内部で次々と殺人事件が―――。

「知りたかったら、調べてみたら？」
薬屋で店番をしていた座木に、ヘラが持ってきた話。ある病院から退院間近の患者ばかりが姿を消しているという。しかし荷物等も一緒に消えていることから警察は自主的な失踪と見て捜査をしていない。これは妖怪の仕業じゃないか――？要するに彼女は秋を自分の縄張り争いに利用しようとしているのだが、座木は秋に知らせる前に事件について調べ始めた。そして情報屋シャドウのＨＰにアクセスした座木は、シャドウからある事への協力を求められる。ちょうどその時期、県下では身元不明の遺体が次々と発見される事件が起こっていた。県警主導の捜査に事件の全貌もわからず無為な時間を過ごしていた高遠は、休日葉山と出かけた先で新たな遺体を発見し――。

ダム計画が頓挫し、都会から新たに越してきた人々が静かに暮らす庵治川村で異変が起こり始めたのは半年前。近所に住む夫婦の夫の方が倒れてそれ以来姿が見えなくなった。妻から「夫はもう帰らない」と聞かされ亡くなったのだと納得したが、次には食材屋の３歳の娘が倒れ、その一月後、突然倒れた隣家の主人を運ぶ手伝いをした和久井の目に映ったのは腕から生える植物の枝。そして隣家の夫婦は姿を消した…。
和久井からの依頼を受けて村へ向かった薬屋の面々だったが、村内では殺人事件が発生し、村へ通じる筈のトンネルは空間が捻れ通れなくなっていて――。